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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
14/08/2020 |
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Data da última atualização: |
10/09/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
LIMA, A. O. de; KOLTES, J. E.; DINIZ, W. J. S.; OLIVEIRA, P. S. N. de; CESAR, A. S. M.; TIZIOTO, P. L.; AFONSO, J.; SOUZA, M. de S.; PETRINI, J.; ROCHA, M. I. P.; CARDOSO, T. F.; ZERLOTINI NETO, A.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A. |
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Afiliação: |
ANDRESSA O. DE LIMA, UFSCar; JAMES E. KOLTES, Iowa State University; WELLISON J. S. DINIZ, UFSCar; PRISCILA S. N. DE OLIVEIRA; ALINE S. M. CESAR, Esalq/USP; POLYANA C. TIZIOTO, NGS Genomic Solution; JULIANA AFONSO, UFSCar; MARCELA M. DE SOUZA, Iowa State University; JULIANA PETRINI, UNIFAL; MARINA I. P. ROCHA, UFSCar; TAINÃ F. CARDOSO; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; LUIZ L. COUTINHO, Esalq/USP; GERSON B. MOURÃO, Esalq/USP; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
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Título: |
Potential biomarkers for feed efficiency-related traits in nelore cattle identified by co-expression network and integrative genomics analyses. |
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Ano de publicação: |
2020 |
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Fonte/Imprenta: |
Frontiers in Genetics, v. 11, p. 1-14, Mar. 2020. |
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DOI: |
https://doi.org/10.3389/fgene.2020.00189 |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
Article 189. Na publicação: Luciana C. A. Regitano. |
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Conteúdo: |
Feed efficiency helps to reduce environmental impacts from livestock production, improving beef cattle profitability. We identified potential biomarkers (hub genes) for feed efficiency, by applying co-expression analysis in Longissimus thoracis RNA-Seq data from 180 Nelore steers. Six co-expression modules were associated with six feed efficiency-related traits (p-value ≤ 0.05). Within these modules, 391 hub genes were enriched for pathways as protein synthesis, muscle growth, and immune response. Trait-associated transcription factors (TFs) ELF1, ELK3, ETS1, FLI1, and TCF4, were identified with binding sites in at least one hub gene. Gene expression of CCDC80, FBLN5, SERPINF1, and OGN was associated with multiple feed efficiency-related traits (FDR ≤ 0.05) and were previously related to glucose homeostasis, oxidative stress, fat mass, and osteoblastogenesis, respectively. Potential regulatory elements were identified, integrating the hub genes with previous studies from our research group, such as the putative cis-regulatory elements (eQTLs) inferred as affecting the PCDH18 and SPARCL1 hub genes related to immune system and adipogenesis, respectively. Therefore, our analyses contribute to a better understanding of the biological mechanisms underlying feed efficiency in bovine and the hub genes disclosed can be used as biomarkers for feed efficiency-related traits in Nelore cattle. |
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Palavras-Chave: |
Biomarcadores; Expressão gênica; Feed efficiency; Hub genes; Longissimus thoracis; Systems biology; WGCNA. |
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Thesagro: |
Bos Indicus. |
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Thesaurus Nal: |
Gene expression. |
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Categoria do assunto: |
--
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/215312/1/AP-Potential-biomarkers-2020.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| Registros recuperados : 8 | |
| 1. |  | JARDIM, A. M. da R. F.; SILVA, T. G. F. da; SOUZA, L. S. B. de; ARAÚJO JÚNIOR, G. do N.; ALVES, H. K. M. N.; SOUZA, M. de S.; ARAUJO, G. G. L. de; MOURA, M. S. B. de. Intercropping forage cactus and sorghum in a semi-arid environment improves biological efficiency and competitive ability through interspecific complementarity. Journal of Arid Environments, v. 188, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
|    |
| 2. | | ARAÚJO JÚNIOR, G. do N.; SILVA, T. G. F. da; SOUZA, L. S. B. de; SOUZA, M. de S.; ARAUJO, G. G. L. de; MOURA, M. S. B. de; SANTOS, J. P. A. de S.; JARDIM, A. M. da R. F.; ALVES, C. P.; ALVES, H. K. M. N. Productivity, bromatological composition and economic benefits of using irrigation in the forage cactus under regulated deficit irrigation in a semiarid environment. Bragantia, v. 80, jan. 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 3. | | LIMA, A. O. de; KOLTES, J. E.; DINIZ, W. J. S.; OLIVEIRA, P. S. N. de; CESAR, A. S. M.; TIZIOTO, P. L.; AFONSO, J.; SOUZA, M. de S.; PETRINI, J.; ROCHA, M. I. P.; CARDOSO, T. F.; ZERLOTINI NETO, A.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; REGITANO, L. C. de A. Potential biomarkers for feed efficiency-related traits in nelore cattle identified by co-expression network and integrative genomics analyses. Frontiers in Genetics, v. 11, p. 1-14, Mar. 2020. Article 189. Na publicação: Luciana C. A. Regitano.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 4. | | JARDIM, A. M. da R. F; SANTOS, H. R. B.; ALVES, H. K. M. N.; SILVA, S. L. F.; SOUZA, L. S. B. de; ARAÚJO JÚNIOR, G. do N.; SOUZA, M. de S.; ARAUJO, G. G. L. de; SOUZA, C. A. A. de; SILVA, T. G. F. da. Genotypic differences relative photochemical activity, inorganic and organic solutes and yield performance in clones of the forage cactus under semi-arid environment. Plant Physiology and Biochemistry, v. 162, p. 421-430, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 5. | | AFONSO, J.; FORTES, M. R. S.; REVERTER, A.; DINIZ, W. J. da S.; CESAR, A. S. M.; LIMA, A. O. de; PETRINI, J.; SOUZA, M. de S.; COUTINHO, L. L.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; GROMBONI, C. F.; NOGUEIRA, A. R. A.; REGITANO, L. C. de A. Genetic regulators of mineral amount in Nelore cattle muscle predicted by a new co-expression and regulatory impact factor approach. Scientific Reports, v. 10, n. 1, p. 1-16, 2020 Article: 8436.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 6. | | SOUZA, M. de S.; SILVA, T. G. F. da; SOUZA, L. S. B. de; ALVES, H. K. M. N.; LEITE, R, M. C.; SOUZA, C. A. A. de; ARAUJO, G. G. L. de; CAMPOS, F. S.; SILVA, M. J. da; SOUZA, P. J. de O. P. de. Growth, phenology and harvesting time of cactus-millet intercropping system under biotic mulching. Archives of Agronomy and Soil Science, v. 68, n. 6. 764-778, 2020.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 7. | | OLIVEIRA, P. S. N. de; COUTINHO, L. L.; CESAR, A. S. M.; DINIZ, W. J. da S.; SOUZA, M. de S.; ANDRADE, B. G.; KOLTES, J. E.; MOURÃO, G. B.; ZERLOTINI NETO, A.; REECY, J. M.; REGITANO, L. C. de A. Co-expression networks reveal potential regulatory roles of miRNAs in fatty acid composition of nelore cattle. Frontiers in Genetics, v. 10, p. 1-14, July 2019. Article 651. Na publicação: Adhemar Zerlotini, Luciana C.A. Regitano.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 8. | | SILVA, G. I. N.; JARDIM, A. M. da R. F.; SOUZA, M. de S.; ARAÚJO JÚNIOR, G. do N.; MORAIS, J. E. F. de; SOUZA, L. S. B. de; SOUZA, C. A. A. de; ALVES, C. P.; ARAUJO, G. G. L. de; MONTENEGRO, A. A. de A.; LIMA, B. L. de C.; SILVA, T. G. F. da. Combined agricultural practices in millet and cactus: phyllochron, structural characteristics and relations with yield. Scientia Agrícola, v. 80, e20220046, 2023.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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